Видать редактор посчитал, что пиконы, которые привязаны к редко включаемым каналам, тоже относятся к неиспользуемым.
Что-то Вы какие-то небылицы нам рассказываете.
Когда Вы выбрали
Удалил все неиспользуемые пиконы из локальной директории, программа сравнивает референсы Ваших пиконов из папки, которую Вы создали, в которую положили свои пиконы и которую указали в настройках проги, с референсами каналов, загруженных в саму программу.
Те пиконы, которые не соответствуют референсам перемещаются в создаваемую папку
backup.
Приложение не сортирует каналы как редко или часто просматриваемые, не приписывайте ему то, чего оно не делает.
Этой программе "100 лет в обед" и работает она корректно.
Проблема Ваша - разбирайтесь.